ハイレゾ音源とCDの（プリ）マスタリングを別に行う必要があるか。はたまた、ハイレゾ音源であってもマスタリングの必要があるかという点は、けっこう誤解されやすいし今後の課題でもある部分だと思います。

例えば、通販で大量購入したタヒボ茶をいつもお裾分けしてくれる友人のように、ハイレゾ版を買ったけどCD版と比べたら波形が違うとか、イコライザーが違うからこれではハイレゾの違いがわからないし意味がない、なんていう人もいますが、本来、CDのプリマスタリング（音質調整）をする理由というのは、48kHz24bitやアナログのテープから44.1kHz 16bitに変換した際に、トラックダウンの段階のフォーマットでは表現ができていたものが、変換したことによって表現が変わってしまった部分を補うものなので（例えば、ダウンサンプリングしたら高域が出なくなったから高域あげとこうぜ、みたいな）最終的な出力フォーマットにした時の音を聴いて、適切なバランスにしていると考えると分かりやすいと思います。
なので、ハイレゾのマスタリングをそのままCDに入れたらCDという器でのベストな表現は出来ないし、逆も然りです。

例えるなら広い部屋なら広い部屋なりに、狭い部屋なら狭い部屋なりに快適に過ごせるように家具を選んで配置するような感覚でいいと思います。ホールの音響設備で働く叔父の受け売りですが。